衝之鳥2005年扁政時代 傳邱義仁早與日互有「默契」？
針對衝之鳥議題，據媒體報導指出，在2005年民進黨執政時，當時國安會秘書長邱義仁已經拍板在衝之鳥與日方達成默契，一旦日方公務船到該海域，我方漁船就會自動退出，被解讀形同承認日方在此海域具有管轄權。不過此說法遭到邱義仁否認，稱是憑空捏造，絕非事實。
據《聯合晚報》報導指出，一旦日方公務船前往執法，我方由漁業署通報我方漁船推出該區。對於此項默契，外交部長次長侯清山上週在立法院答詢時，證實有此「默契」在。
報導指出，從2005年10月我方漁船在該海域作業遭到日方扣押，當時陳水扁政府時任國安會秘書長邱義仁與日方達成此項默契。不過，對於此說法他不願意回答這些事情。
對此，民進黨代發澄清稿，指出邱義仁嚴正駁斥，指稱內容純屬憑空捏造，絕非事實，「媒體在撰寫相關報導時，應善盡查證義務，向漁業署等主管機關妥爲查詢，以免錯誤訊息誤導輿論」。