PCR實驗室最容易忽視的環節,老師都沒教過的輔料質檢
今天我們探討的是PCR實驗室最容易忽視的環節,對試驗輔料進行質檢。PCR實驗室的輔料指的是PCR實驗中常用的一些輔助試劑和耗材,比如採樣管、拭子、離心管、PCR管、吸頭、移液器、無核酸酶水和試管架等。
一.輔料質檢的基本原則
輔料的質檢通常是在新一批的輔料到實驗室後統一做一次或者定期(半年或1年)做,因此質檢就包含了驗貨和質檢2個部分。由於輔料的質檢沒有一個統一的標準,一般由各實驗室自行制定,可簡可繁,這裡提出一些方法供大家參考和批評指正。
1.外包裝檢查:外包裝應完整無損無污,標識清楚,檢查品名、品牌,貨號,規格、生產日期,有效期、保存條件等信息。
2.內包裝檢查:內包裝物品應與外包裝標識一致,檢查是否有破損,泄漏,內容物是否齊全,是否有相應的使用說明書等。
3.性能質檢:檢測試劑耗材是否與其性能一致,比如吸頭的準確性和氣密性等
4.污染物質檢:檢測試劑耗材是否被常規檢測項目的待檢物污染,這種污染可能是物品生產環節,也可能是運輸或實驗室的保存過程中被污染。
5.抑制物質檢:檢測試劑耗材中是否存在PCR反應的抑制物,比如核酸酶。
二.輔料質檢的前提條件
1.弱陽性質控:需要準備弱陽性質控,包括標準物質、第三方質控或弱陽性樣品用於進行性能質控和抑制物質控。
2.陰性質控:需要準備確定陰性的樣品或空白對照,用於進行污染物的質控。
3.重複次數n:中國人喜歡3(三顧茅廬),6(六六大順),8(發發發),9(九九歸一),很遺憾這些數和實驗室都關係不太大。符合統計學計算的最常用的兩個數字是5和20,5通常是能進行統計學分析的最少重複次數,20通常用於計算95%的置信區間。大家根據自己的需要選擇合適的重複次數。
三.常見輔料的質檢
輔料的質檢應結合實際工作中可能用到的場景,並非越苛刻越好,需要每個實驗室結合自身情況來設計和調整文中提到的參數。
1.離心管
(1)滲漏密閉性:將n個離心管加入半量墨汁,蓋好蓋子後放入水中,浸泡30min,沒有墨汁滲出爲合格。
(2)離心密閉性:將n個離心管加入半量純水,放入離心機,10000 rpm,30min,管蓋未崩開未漏液爲合格。
(3)熱密閉性:將n個離心管加入半量純水,蓋好蓋子稱重後放入金屬浴中,65℃或90℃(巴氏消毒),30min,再進行稱重,離心管未變形,管蓋未崩開未漏液,前後重量未變化爲合格。。
(4)冷密閉性:將n個離心管加入半量純水,放入-20℃冰箱,24h,離心管未變形,管蓋未崩開未漏液爲合格。
(5)污染物質檢:將n個離心管分別加入半量陰性純水,蓋好蓋子渦旋1 min後靜置5min,吸取純水作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(6)抑制物質檢:將n個離心管分別加入弱陽性質控物,室溫靜置5min,然後進行提取;RNA核酸,DNA核酸,室溫靜置5min,作爲模板進行擴增,qPCR擴增未被抑制爲合格。
2.PCR管
(1)滲漏密閉性:將n個PCR管加入半量墨汁,蓋好蓋子後放入水中,浸泡30min,沒有墨汁滲出爲合格。
(2)離心密閉性:將n個PCR管加入半量純水,放入離心機,1000 rpm,30min,管蓋未崩開未漏液爲合格。
(3)熱密閉性:將n個PCR管加入半量純水,蓋好蓋子稱重後放入PCR儀,設置一個常用的PCR程序,程序運行完畢後,再進行稱重,PCR管未變形,管蓋未崩開未漏液,前後重量未變化爲合格。。
(4)冷密閉性:將n個PCR管加入半量純水,放入-20℃冰箱,24h,離心管未變形,管蓋未崩開未漏液爲合格。
(5)污染物質檢:將n個PCR管加入半量陰性純水,蓋好蓋子渦旋1 min後靜置5min,作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(6)抑制物質檢:將n個PCR管分別加入弱陽性質控物,室溫靜置5min,然後進行提取;RNA核酸,DNA核酸,室溫靜置5min,作爲模板進行擴增,qPCR擴增未被抑制爲合格。
(7)空白熒光通透性:對於qPCR,需要考察PCR管是否有非特異性熒光信號,將n個空PCR管,蓋好蓋子後放入PCR儀,設置一個常用的PCR程序,程序運行完畢後,qPCR無擴增爲合格。
(8)陽性熒光通透性:對於qPCR,還需要考察PCR管是否會抑制熒光的通透性,將n個含弱陽性樣品和擴增試劑的PCR管,與確認無熒光干擾的PCR管,蓋好蓋子後放入PCR儀一同擴增,設置一個常用的PCR程序,程序運行完畢後,qPCR擴增未被抑制爲合格。
3.濾芯吸頭
測試吸頭需使用經校準的移液器
(1)準確性:將n個吸頭分別吸取定量的純水稱重,重量與體積的關係按照1 g/mL換算。
(2)氣密性:取n個吸頭,吸取最大量程的含有1%甘油的墨水,觀察有色液體不出現在濾塞之上,液麪相同爲合格。
(3)防氣溶膠性能:取n個吸頭,吸取陽性核酸,反覆吹吸10次,換另一個新吸頭在陰性純水中反覆吹吸10次,取陰性純水作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(4)污染物質檢:取n個吸頭,吸取陰性純水反覆吹吸10次,取陰性純水作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(5)抑制物質檢:取n個吸頭,吸取弱陽性質控物反覆吹吸10次,然後進行提取;吸取RNA核酸和DNA核酸反覆吹吸10次,作爲模板進行擴增,qPCR擴增未被抑制爲合格。
4.採血管、採樣管、採樣拭子和一次性吸管等
主要考察污染物和抑制物
(1)污染物質檢:將n個耗材加入一定量陰性純水,蓋好蓋子渦旋1 min後靜置30min,吸取純水作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(2)抑制物質檢:將n個耗材分別加入弱陽性質控物,室溫靜置30min,然後吸取質控物進行提取;作爲模板進行擴增,qPCR擴增未被抑制爲合格。
5.無核酸酶水、PBS等緩衝液
(1)PH值:測量各緩衝液的PH值。
(2)污染物質檢:吸取緩衝液作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(3)抑制物質檢:將緩衝液分別與RNA核酸和DNA核酸混合,然後吸取混合液作爲模板進行擴增,qPCR擴增未被抑制爲合格。
6.移液器和離心管架及離心機的內外表面
這些常見物品的外表面容易被核酸和細菌污染,主要查看這兩個指標。
(1)表面核酸污染:用沾溼的拭子擦拭上述物品的外表面,然後浸泡到純水中10min,吸取純水作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(2)移液器內腔核酸污染:對於常用的移液器的內部,可使用無濾芯的吸頭在陰性純水中吹吸10次後,吸取純水作爲模板進行擴增,qPCR無擴增爲合格。
(3)表明細菌污染:用沾溼的無菌拭子擦拭上述物品的外表面,劃瓊脂平板,每個平板的菌落數不應超過一定數量(我也不確定多少合適,由於不要求無菌操作一定會有細菌,但是也不應該太多)。
非瘟和新冠後全國一下子新增了很多核酸檢測實驗室,早期大家關注的點都在設施和硬件上,但是一個檢測實驗室開展大量檢測工作之後,檢測中最弱的環節決定檢測的質量。我們也需要將精力放在檢測中的每個細節上。
本文來源:原博士帶你做檢測